Shōgun sigue el choque de dos hombres ambiciosos de diferentes mundos y una misteriosa samurái femenina: John Blackthorne, un intrépido marinero inglés que naufraga en Japón, una tierra cuya cultura desconocida finalmente lo redefine; Lord Toranaga, un astuto y poderoso daimyo en conflicto con sus peligrosos rivales políticos; y Lady Mariko, una mujer con habilidades invaluables pero lazos familiares deshonrosos, que debe demostrar su valor y lealtad